倒置生物顯微鏡目鏡的選購應該從光學部分、結構材料以及光源等方面看。光學部分包括了目鏡和物鏡，其中物鏡是顯微鏡最核心的部分，物鏡分為消色差、半平場消色差和平場消色差三個級別，其中平場消色差物鏡視野無缺陷，價格高，一般科研醫療專業領域多采用這種物鏡。顯微鏡中的目鏡可分為單目、雙目和三目，單目的價格便宜，雙目的可以雙眼同時觀看，三目的多出一個目鏡可以接攝像頭或者電腦屏幕等顯示圖像，既可以雙目觀測，又可以電腦錄制圖片。結構材料方面，選合金材質的耐久，結構穩固結實。光源也分三種，鎢絲、鹵素、熒光，鎢絲燈更便宜，但光呈黃色影響觀測。熒光燈是更好的光源，亮度高省電，但是價格也是最貴的。
 

　　倒置生物顯微鏡的使用方法與雙筒顯微鏡類似，但因為它的特殊用法，還要注意一些常見的問題，如在使用觀察時可以通過調節鉸鏈式雙目目鏡方便使用者使用時更舒適。當在使用過程中，因為載物臺和物鏡相對位置的變化，組織培養液或水會很容易的灑到顯微鏡上，此時為了防止顯微鏡的損壞要立刻切斷電源，擦去組織液或水，對于載物臺、物鏡等敏感場所要特別注意。對于光源的控制也要注意，轉動光強調節鈕時切忌小心，不可太過，以防損壞。
 

　　倒置生物顯微鏡是我們在實驗室和教室中常見的生物顯微鏡，它的物鏡轉換盤朝向是向下的，載物臺在物鏡下方。當觀察物體時，把被觀察物放于載物臺，物鏡從上方靠近載玻片進行觀察，工作距離比較短，觀察切片等適合用正置生物顯微鏡。
 

　　倒置生物顯微鏡的物鏡是向上的，載物臺在物鏡上方。當觀察活體細胞時適合用這種顯微鏡，因為正置生物顯微鏡的工作距離很短，觀察培養皿里面的活體細胞根本沒辦法觀察。用倒置顯微鏡就不一樣了，我們只需把培養皿放于載物臺上就能進行觀察，因為倒置生物顯微鏡的光路是飯的，聚光鏡在上面，其工作距離長，可以輕松觀察到培養皿里面的活體細胞。